ศูนย์วิจัยปัญหาสุราจัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2547 โดยเป็นองค์กรภายใต้สถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข (สวรส.) มีที่ตั้งที่สถาบันสุขภาพจิตเด็กและวัยรุ่นราชนครินทร์ โดยมี นพ.บัณฑิต ศรไพศาล เป็นผู้อำนวยการ วัตถุประสงค์หลักของศูนย์วิจัยปัญหาสุรา (ศวส.) คือการสนับสนุนการผลิตองค์ความรู้ด้านการจัดการปัญหาแอลกอฮอล์และการนำองค์ความรู้ไปใช้ในกระบวนการนโยบายแอลกอฮอล์ หรือกล่าวได้ว่ามีหน้าที่หลักในการเป็นองค์กรจัดการความรู้ ภารกิจสำคัญจึงประกอบไปด้วยกิจกรรมสองด้าน ด้านที่หนึ่งเป็นการกำหนดทิศทางงานวิจัยผ่านการคัดเลือก สนับสนุนทุนวิจัย และการพัฒนาคุณภาพงานวิจัยที่สนับสนุน ส่วนกิจกรรมด้านที่สองคือการใช้ประโยชน์จากงานวิจัย ซึ่งประกอบไปด้วยการสื่อสารงานวิจัยสู่สาธารณะและผู้เกี่ยวข้องในรูปแบบต่าง ๆ และการจัดให้มีกลไกการสื่อสารแลกเปลี่ยนเรียนรู้ โดยเฉพาะการจัดการประชุมสุราวิชาการประจำปี
โดยในระยะแรกตั้งแต่ก่อตั้งศูนย์วิจัยปัญหาสุรา (ศวส.) จนถึงปี 2551 นี้ นพ.บัณฑิต ศรไพศาล เป็นกลไกสำคัญในการผลิตงานวิจัยที่ ศวส. ทำเอง ซึ่งส่วนใหญ่เป็นงานวิจัยแบบทุติยภูมิ การทำวิจัยร่วมกับหน่วยงานอื่น และการจัดทำฐานข้อมูลต่าง ๆ (normative work) เช่น การจัดทำรายงานสถานการณ์สุราประจำปี นอกจากนั้น นพ.บัณฑิต ศรไพศาล ยังมีส่วนสำคัญในการผลักดันนโยบายแอลกอฮอล์ด้วยตนเองในบทบาทต่างๆ รวมถึงการเป็นกรรมาธิการยกร่าง พ.ร.บ.ควบคุมเครื่องดื่มแอลกอฮอล์ ของสภานิติบัญญัติแห่งชาติด้วย
ในปี 2551 ศวส.ได้สนับสนุน สำนักงานพัฒนานโยบายสุขภาพระหว่างประเทศ (International Health Policy Program/IHPP) ให้ดำเนินโครงการ การพัฒนาศัยภาพนักวิจัยด้านนโยบายแอลกอฮอล์ (Alcohol Policy Research/APR) โดยมี นพ.ทักษพล ธรรมรังสี เป็นผู้จัดการโครงการและมีจุดมุ่งหมายเพื่อให้เป็นกลไกในการพัฒนานักวิจัยรุ่นเยาว์ด้านนโยบายแอลกอฮอล์ ผ่านการทำงานวิจัยที่กำหนดทิศทางและการกำกับของ ศวส. และช่วงนี้เองที่ถือว่า ศวส. เริ่มดำเนินงานวิจัยแบบปฐมภูมิของตนเอง (in-house research) โดยอาศัย APR เป็นกลไกการผลิต
ในปี 2552 นพ.ทักษพล ธรรมรังสี ได้รับตำแหน่ง ผู้อำนวยการ ศวส. ต่อจาก นพ.บัณฑิต ศรไพศาล จึงได้มีการปรับโครงสร้างองค์กร ศวส. จากที่เคยอยู่ภายใต้ สวรส. มาอยู่กับ IHPP ภายใต้กลุ่มงานนโยบายสร้างเสริมสุขภาพ (Health Promotion Policy) ซึ่งดูแลโดย นพ.ทักษพล ธรรมรังสี และได้ยุบโครงการ APR และนำนักวิจัยรุ่นเยาว์ของโครงการ APR มาเป็นเจ้าหน้าที่ของ ศวส.อย่างเต็มตัว
จากนั้นเป็นต้นมาภารกิจของ ศวส. จึงได้ขยายจากการเป็น ผู้จัดการงานวิจัย ไปครอบคลุมการเป็นแหล่งผลิตความรู้ด้วยตนเอง และการพัฒนาศักยภาพทางวิชาการด้วย โดยในส่วนของการพัฒนาศักยภาพนั้น ศูนย์วิจัยปัญหาสุรา (ศวส.) ใช้แนวคิดของการพัฒนาศักยภาพในสี่ระดับได้แก่ศักยภาพส่วนบุคคล ศักยภาพระดับองค์กร ศักยภาพของเครือข่าย และศักยภาพของระบบโดยรวม แนวคิดนี้เองเป็นรากฐานของการทำงานพัฒนาเครือข่ายของ ศวส.ในระยะหลัง ซึ่งรวมถึงการพัฒนาศักยภาพของภาคส่วนวิชาการและภาคส่วนอื่นๆ ทั้งในประเทศไทยและในระดับนานาชาติ
ปัจจุบันศูนย์วิจัยปัญหาสุรา (ศวส.) ได้มาอยู่ภายใต้การสนับสนุนของ สำนักสนับสนุนการควบคุมปัจจัยเสี่ยงหลัก สำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.) และได้เปลี่ยนผู้รับผิดชอบแผนงานและผู้อำนวยการใหม่เป็น ศ.ดร.สาวิตรี อัษณางค์กรชัย พร้อมทั้งย้ายสำนักงานมาที่ หน่วยระบาดวิทยา คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา
งานด้านต่างประเทศ เป็นภารกิจใหม่ของศูนย์วิจัยปัญหาสุรา (ศวส.) ในยุคหลัง อันประกอบไปด้วยการพัฒนานโยบายและมาตรการในระดับนานาชาติ การช่วยเหลือภาคีเครือข่ายในต่างประเทศในการผลักดันนโยบายแอลกอฮอล์ การทำงานวิชาการร่วมกันกับต่างประเทศ การจัดประชุมวิชาการ และการประชุมเชิงปฏิบัติการกับต่างประเทศ การทำงานร่วมกับองค์การอนามัยโลก การเป็นวิทยากร รวมถึงการเป็นที่ปรึกษาของต่างประเทศ ผลงานเชิงประจักษ์ที่สำคัญรวมถึงการจัดประชุมนโยบายแอลกอฮอล์ระดับโลก (Global Alcohol Policy Conference/GAPC) ที่ศูนย์วิจัยปัญหาสุรา (ศวส.) เป็นเลขานุการของคณะกรรมการจัดการประชุม และการจัดเวทีปรึกษาหารือประจำภูมิภาคเอเซียใต้ – ตะวันออกต่อยุทธศาสตร์นโยบายแอลกอฮอล์ระดับโลก
